In Mario & Luigi: Bowser’s Inside Story zijn de twee personages namelijk opgeslokt door Bowser en terwijl Bowser met allerlei problemen in de grote wereld te maken krijgt, hebben de 2 dappere loodgieters te maken met problemen op een de Nds of Ndsi. Tussen deze twee werelden is steeds een wisselwerking. Zo moest Bowser met een grote inspanning iets naar zich toe trekken, iets wat hem niet lukt totdat de broertjes in zijn arm een armspier een flinke boost geven……..